בשבעות האחרונים דובר רבות בענין פרשת הצוללות והמידה בה ראש הממשלה קשור בה אם ובכלל, בין סעיפי הפרשה הועלה גם ענין אישור מכירת הצוללות הגרמניים, למצרים ע"י ישראל בטענה של יריבי נתניהו והתקשורת כי הנה ההוכחה המוצקת לכך שנתניהו פעל ממניעים אישים ומושחתים, הגיב נתניהו ואמר כי ישנו סוד שאינו יכול לחשוף ממניעים ביטחונים אך אם יחשוף בוואדי הטענות נגדו יעלמו.
כתב גלובס שמסקר את גרמניה ואירופה מניח שהסוד שנתניהו דיבר עליו הוא תכנון ישראלי-גרמני על איך מפילים את האחים המוסלמים ע"י הזרמת כסף לצבא שהתנגד לו, מה שהביא באמת בסוף למהפכה ולעליית סיסי לשלטון. מאז הצבא והשלטון מאד פרו ישראלים ותרמו למלחמה בדעא"ש בסיני ובישיבה על העזתים שלא ירימו את האף.
לפי אחת הסברות, הדבר נבע דווקא מהרצון לחזק את כוחו של הצבא המצרי, הפועל כגוף כמעט אוטונומי במצרים. כלומר, עסקת הצוללות המתקדמות נועדה להביא להזרמת כסף לצבא המצרי, עמו ניהלו ישראל וגרמניה מגעים ישירים מעל ראשי הממשלה המצרית והנשיא המצרי. זה אולי נשמע כמו תסריט מופרך, אבל לא רק בישראל ישנם גורמים הגוזרים קופונים מעסקאות נשק במיליארדים. במצרים ייתכן שהדבר אף יותר מערכתי.
לפי סברה זו, הצעד הבא בדרמה המצרית היה מתוכנן היטב: הפיכת-נגד של הצבא נגד הנשיא מורסי ביולי 2013, שהביאה להדחתו ולמאסר שלו ושל ראשי התנועה במצרים. ומה שהתרחש לאחר שהגנרל עבד אל-פאתח א-סיסי תפס את השלטון יכול להצדיק בדיעבד את הסיוע לצבא המצרי – תחת שלטונו היחסים הביטחוניים עם ישראל התהדקו עד לרמה של תקיפות ישראליות באמצעות מל"טים בסיני, המנהרות לעזה נחסמו, חמאס בודד ומצרים הצטרפה באופן ברור לציר האנטי-איראני במזרח התיכוןכל זה מלווה כל העת באור ירוק ישראלי. "ממה שאני יודע ומההתרשמות שלי מהמשלחות הביטחוניות הישראליות שביקרו בגרמניה אחרי ההפיכה הצבאית של 2013 במצרים", אמר ל"גלובס בעבר ד"ר שטפן רול, מומחה למצרים ממכון המחקר לענייני ביטחון בברלין (SWP), "אפשר לומר שהן לא הביעו כל התנגדות לאספקת נשק גרמני למצרים, אולי אפילו להפך". במלים אחרות, הסוד הגדול אותו נמנע נתניהו מלפרסם עשוי להיות קשור לדינמיקה של היחסים בין גרמניה בעידוד ישראל לבין הצבא המצרי, במהלך שנות הטלטלה במצרים
