בג"ץ קבע אחר הצהרים (שני) כי המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג) רשאית לקיים מסלולי לימוד בהפרדה מגדרית על מנת להגביר את השילוב של הציבור החרדי באקדמיה. עם זאת, השופטים פסקו כי יש לבטל מיד את המדיניות האוסרת על מרצות ללמד במסלולים לגברים בלבד, משום שהדבר מהווה אפליה אסורה של מרצות במוסדות להשכלה גבוהה, כלומר הסעיף הזה יבטל למעשה את האפשרות להפרדה המוחלטת.
בעתירה שהגישה קבוצת אנשי אקדמיה נגד התוכנית לשילוב חרדים באקדמיה שמובילה המועצה להשכלה גבוהה, דרשו העותרים לסגור את מסגרות הלימוד המציעות לימודים בהפרדה לגברים ולנשים.
העותרים טענו כי ההפרדה המגדרית לחרדים ולחרדים לאומיים אינה חוקתית. הדיון בה אוחד עם עתירה נגדית שהגיש פורום קהלת, אשר ביקשה להסיר כל הגבלה על ההפרדה וטענה כי מדובר בפגיעה בזכות לאוטונומיה תרבותית.
