ראש המוסד לשעבר תמיר פרדו הגיש לבג"ץ תצהיר מיוחד מטעמו, במסגרת העתירה של התנועה לאיכות השלטון לחידוש החקירה הפלילית בפרשת הצוללות – ולהקמת ועדת חקירה ממלכתית. במסמך שכתב פרדו הוא מבקר בחריפות את התנהלותו של ראש הממשלה בנימין נתניהו סביב רכישת הצוללות וכלי השיט: "מעולם לא נתקלתי בסוג כזה של הסתרה מגורמי הביטחון הבכירים ביותר במדינת ישראל, הדבר אומר דרשני".
פרדו היה ראש המוסד כשניתן לגרמנים האישור החריג למכור צוללות מתקדמות למצרים, מאחורי גבה של מערכת הביטחון. הוא התייחס בתצהירו לריאיון של נתניהו ב'חדשות 12', ולדברים שאמר לקרן מרציאנו: "למדינת ישראל יש סודות שרק ראש הממשלה וקומץ אנשים יודעים, יש לפעמים דברים שאנשים אחרים במערך הביטחוני לא יודעים ולא צריכים לדעת".
ראש המוסד לשעבר משיב לטענות ראש הממשלה: "מדובר בנושאי תפקידים רמים במשרד הביטחון, שאיש מהם לא ידע דבר בעניין – ביניהם הרמטכ"ל, מפקד חיל הים וראש המוסד". הוא החריף את הטון נגד נתניהו ואמר: "ההחלטה למדר את מערכת הביטחון – איננה מתקבלת על הדעת, איננה סבירה בצורה קיצונית, ומוסיפה חשד של ממש החייב הקמת ועדת חקירה ממלכתית ו/או הקמת ועדת בדיקה עצמאית. אין ולא יכולים להיות סודות שמשרד הביטחון או הרמטכל לא מודעים להם".
נתניהו טען בריאיון כי הסיבה להסתרה היא ביטחונית, ואילו ראש המוסד מבהיר: ההסתרה גרמה לנזק ביטחוני, והעדכון היה מאפשר להביא הישגים ביטחוניים. פרדו כתב: "מידע אודות האישור שניתן לגרמנים למכירת הצוללות למצרים היה יכול לסייע בצורה קריטית לגורמי הביטחון הישראלים. ברור כי במקרה הזה, כמו בכל מקרה דומה, היה על מערכת הביטחון, וגם על ראש המוסד, לדעת על האישור שניתן למכירת הצוללות למצרים".
אבל לא רק המהות חשודה בעיניו של פרדו, אלא גם אופן קבלת ההחלטות: "נראה כי ההחלטה לאשר מכירת צוללות למצרים התקבלה במסלול מזורז מאוד, שאינו מוכר במחוזותינו, ללא דיונים עם גורמי המקצוע וללא הבאת הנושא לאישור הקבינט באופן שמיטיב לא רק עם מצרים על כל המשתמע מכך אלא מיטיב מאוד גם עם תאגיד תיסנקרופ".
לסיכום דבריו, כתב ראש המוסד לשעבר: "מעולם לא נתקלתי בסוג כזה של הסתרה מגורמי הביטחון הכי בכירים במדינת ישראל, והדבר אומר דרשני".
מהליכוד נמסר בתגובה ל'חדשות 12': "באופן לא מפתיע מגישי הבג"ץ, שמזוהים עם ארגוני השמאל הקיצוני, לקחו תצהירים דווקא ממחנה 'רק לא ביבי', וכמובן לא גבו תצהירים מבכירים אחרים במערכת הביטחון, כגון ראשי המל"ל לשעבר פרופ' יעקב נגל שאמר לגבי רכש הצוללות והספינות שהחלטות אושרו 'בתמיכה מלאה של צה"ל והרמטכ"ל דאז, וש'לא הייתה מחלוקת על כך שצריך את הספינות האלה'. וראש המל״ל לשעבר יעקב עמידרור שהצהיר ש'ההליכים להזמנת צי הצוללות הבא היו נכונים מכל בחינה מקצועית'. זהו ניסיון מיחזור נואש של פרשת הצוללות, לרבות נושא הצוללות המצריות, שנסרקה במסרקות ברזל ע״י כל רשויות האכיפה שקבעו שלא נפל רבב בפעולותיו של ראש הממשלה".
