בערב י"ח בחשון תשנ"א (נובמבר 1990 למניינם), נאם הרב כהנא במלון מריוט בניו יורק, בפני יהודים אורתודוקסיים, בניסיון לשכנע אותם לעלות לישראל. לאחר הנאום, בעת שהקהל התגודד סביב כהנא, הגיח מתנקש, לבוש כחרדי, וירה בצווארו של כהנא כדור בודד שהרגו. הוא הובא לקבורה בירושלים; הלוויתו יצאה מ"ישיבת הרעיון היהודי" לעבר בית העלמין הר המנוחות.
תומכי הרב כהנא טבעו את הביטוי "כהנא צדק" לאחר רצח הרב כהנא. הביטוי עדיין פופולרי בקרב תומכיו ותלמידיו, ובא לבטא את הטענה שהרב כהנא צדק בתפיסתו לגבי הערבים בישראל.
משנתו של כהנא גורסת כי "מדינת יהודים פירושה חשיבה וקשרים יהודיים, פירושה תרבות יהודית ורוח יהודית בציבור יהודי. אך מעל לכל, פירושה ריבונות יהודית ושליטה יהודית על ייעודה.
את זה ניתן ליישם רק במסגרת של רוב יהודי קבוע ומיעוט ערבי שלו וזעיר-ממדים. אך הערבים סבורים כי היהודים גזלנים ששדדו מהם את ארצם. אין הערבים חשים קשר מחייב או רגש כלפי מדינה שנשמתה יהודית. והערבים מתרבים, בכמות ובאיכות. הם יתבעו חלק רב יותר בשלטון; הם ידרשו "אוטונומיה" לחלקים שונים של המדינה. לבסוף יאיימו על עצם הרוב היהודי באמצעות שיעור הילודה הערבי. והתוצאה: התנגשות עקובה מדם
אם אמנם רצוננו למנוע התפתחות כזאת, רק דרך אחת פתוחה לפנינו: העברה מיידית של הערבים מארץ-ישראל לארצותיהם. כי לגבי ערביי ארץ-ישראל ויהודיה יש רק פתרון אחד: הפרדה. היהודים בארצם, ואילו הערבים בארצותיהם. הפרדה. רק הפרדה" טען.
האם כהנא אכן צדק?
חסידיו של הרב מאיר כהנא הי"ד מארגנים אזכרה ליום השנה להירצחו, בהזמנה הם מציגים את משנתו הרעיונית של כהנא, בין המשתתפים באזכרה הערב צפוי גם ח"כ מכהן חבר הכנסת איתמר בן גביר מהציונות הדתית.
בושה וחרפה!!!
ככ צודק
פשוט לא יאומן
אין דרך אחרת
לא ציינתם שהיה תלמיד חכם גדול עמל בתורה שעות רבות בכל יום בניו תלמידי חכמים עצומים, היה גומל חסדים מופלג בעזרה לזולת, היה ראש הנלחמים נגד מסך הברזל בברית המועצות, היה מי שהחזיר את הביטחון האישי ליהודי ארה"ב ועוד היריעה ארוכה, שמישהו יעשה מליון ממה שהוא עשה שיתחיל לבקר אותו…