מפקד אוגדת איו"ש, תת אלוף אבי בלוט, כתב לפקודיו, בדף יציאה למבצע בית וגן, כי "המבצע מהווה הזדמנות מצויינת לשינוי המציאות המבצעית באזור יהודה ושומרון".
לדברי תא"ל בלוט, "העיר ג'נין, ובפרט מחנה הפליטים, הינה מעוז מחבלים המייצא טרור לכל איו"ש ולעורף ועוסק בפיתוח אמל"ח שעלול לערער את היציבות הביטחונית במדינת ישראל. בעיני האויב הפך מחנה הפליטים לעיר מקלט וחופש הפעולה של צהייל במרחב מאותגר.
"למבצע אנו יוצאים כדי לשנות את המצב ולהרחיב את חופש הפעולה. משימתנו : לייצר שליטה מבצעית, לסכל ולעצור מחבלים, להשמיד תשתיות אויב ולהחרים אמצעי לחימה".
בלוט מציין כי "הציפיה היא כי בסיום המבצע מחנה הפליטים יהיה מוחלש ומורתע, וכי בזכות המבצע יתהווה פוטנציאל לדינמיקה חיובית באזור יהודה ושומרון כולו. בתחבולות נעשה מלחמה, ננצח ונישאר בני אדם, נדגיש את עקרון האבטחה על חשבון המהירות ונקפיד כי אין קצוות חלשים בשום שלב.
"ההצלחה היא הזדמנות שפוגשת יכולת והמבצע מהווה הזדמנות מצויינת לשינוי המציאות המבצעית באזור יו"ש. היכולת שלכם כיחידות וכלוחמים הוכחה חזור ושנה בשנים האחרונות ואף התחזקה במהלך נוהל הקרב. יש לנו את הזכות לעשות ולקחת חלק במבצע שאין חשוב ממנו. בטוח אני ביכולותיכם, ברוחכם האיתנה ובהצלחתכם. "לכו בכוחכם זה והושעתם את ישראל", יחד נעשה ונצליח".
בשם השם נעשה ונצךיח כך היה צריך להכתב… אני מוסיפה
זאת ההפרדה הידועה של הציונות החילונית בין תנ"ך ופסוקיו לקדוש ברוך הוא. אך איני שופט אותו, האחרון שהזכיר שם ה' במכתב ללוחמים מצא את עצמו מעוכב מכל תפקיד משמעותי. ראו ערך עופר וינטר
מפקד איו"ש תותח על…
מתפללים להצלחתכם
בשם ה’ תעשו ותצליחו.