בצה״ל מעריכים כי המבצע סביב בית החולים נאצר שבחאן יונס יימשך בימים הקרובים, מדובר במרחב שלם של לחימה הכולל בית חולים שעטוף כולו במחנה פליטים, כאשר רוב מחבלי חמאס נמצאים מסביבו, במרחק של כ-100-200 מטר, בצפיפות מאוד גבוהה.
מי שאחראים על הלחימה באזור הם לוחמי חטיבת הקומנדו, שהצליחה לא פעם אחת להפתיע את האויב על אף שנערך להגעת הלוחמים.
המשימה הראשונה לכתר את ביה״ח באופן שיאפשר ניקוז חכם של האוכלוסייה ולאחר מכן לשבות את המחבלים כבר הושלמה, לאחר שאלפים כבר עזבו את המתחם. בצה״ל זיהו כי בין העזתים שמפונים משם ישנם גם מחבלי חמאס הלבושים בבגדי אחים וצוות רפואי. כ-200 מחבלים כבר הסגירו את עצמם לכוחות צה"ל, ורבים נוספים נעצרו לצד מחבלים שיצאו מבית החולים ונלחמו מול כוחותינו פנים מול פנים.
הלוחמים העידו כי למחבלים יש במקום שטח לחימה מאורגן הכולל נשקים ו-ווסטים. לפי העדויות, המחבלים יצאו מהמקום, התחמשו בבתים ואז יצאו לתקוף את כוחותינו. מדובר בלוחמים מאומנים יותר מאלו שצה״ל פגש בעבר, כדוגמת המחבלים בבית החולים שיפא. כמו כן, גם מבחינת איכות האמל״ח מוצאים בצה״ל הבדל.
צה״ל מצא בתוך המתחם מרגמות לצד תרופות שהיו צריכות להגיע לשבויים שנחטפו ב 7 באוקטובר. יותר מאוחר נפתחה אש מאחד המחסנים אליו הגיעו המחבלים שחוסלו. מעל 100 מחבלים הסתתרו בבית החולים, שהיווה קרקע פורייה להוצאת פעולות טרור. ההערכה בצה״ל היא כי בכירי חמאס, או לפחות חלקם, עברו במקום הזה. ההערכה נובעת מעצם העובדה שכל האזור המקיף את נאצר, כולל הבית חולים עצמו, מלא במחבלים.
מדובר צה״ל נמסר כי בבית החולים אותרו על ידי הלוחמים אמצעי לחימה רבים, כשחלקם אותרו כשהם מוחבאים ברכב ששימש את מחבלי החמאס לביצוע מתקפות בבוקר הטבח. כמו כן, נמצא במרחב בית החולים רכב השייך לקיבוץ ניר עוז. במסגרת פעילות כוחות צה״ל בבית החולים, נמצאו ארגזי תרופות ועליהם שמות של חטופים ישראלים. חבילות התרופות שאותרו היו סגורות ולא הועברו לחטופים.
עוד נמסר מדובר צה״ל כי הכניסה לבית החולים אירעה לאחר אזהרה מוקדמת להפסקת פעילות הטרור בבית החולים, והסריקות בוצעו תוך הקפדה על המשך ניהול שוטף של בית החולים, ללא פגיעה בחולים ובצוות הרפואי ובהתאם לערכי צה״ל והדין הבינלאומי.
