אחרי ההכחשות של צה"ל, דובר צה"ל מאשר היום (שני) כי הרב אברהם בן דיין שנעצר בגין עריקות, נמנע ממנו להניח תפילין, כמובן שדבר זה מעורר זעזוע איך ייתכן שבמדינת היהודים ימנעו להניח תפילין, דבר זה מזכיר את גזירות הרומאים כנגד קיום המצוות. המקרה הקשה נחשף לאחר שהאברך, שנעצר במסגרת פעילות משטרתית, הועבר למערך הכליאה הצבאי, שם נתקל בקשיים משמעותיים בקיום אורח חייו הדתי הבסיסי ביותר.
בהודעה הרשמית שפרסם דובר צה"ל בניסיון להסביר את השתלשלות האירועים, נכתב: "הכלוא נעצר במוצאי שבת על ידי משטרת ישראל והועבר לטיפול המשטרה הצבאית. הכלוא שהה במעצר במהלך הלילה עד לשעות הבוקר המאוחרות. במהלך השהייה במעצר התפלל בהגעתו בשעות הצהריים לכלא הצבאי, ביקש מצוות הקבלה להניח תפילין ונענה שיקבל אפשרות עם הגעתו לפלוגת הכליאה, אולם עקב עיכוב לא צפוי בקליטתו ועל פי הדיווח שנמסר בדיעבד, לבסוף הכלוא לא הספיק להניח תפילין". ההודאה הזו עוררה גל של ביקורת חריפה מצד גורמים רבניים ופוליטיים, התוהים כיצד נמנעה ממנה דתית יסודית במערכת שאמורה להיות ערוכה לקליטת בני הציבור החרדי.
עוד הבהירו כדי לנסות להתנער מהזעזוע, כי מדובר במחדל נקודתי שאינו מייצג את מדיניות המערכת. "יובהר כי מדובר במקרה חריג ביותר, שלא הולם את פקודות הצבא. צה״ל מצר על עוגמת הנפש, הנהלים בכלא חודדו למימוש באופן מיידי והנושא יתוחקר לעומק על ידי המפקדים לשם מניעת מקרים דומים בעתיד", נמסר בהודעת דובר צה"ל, שהוסיף כי "הכלוא שוהה כעת במתחם בו ישנו כל הציוד הנדרש בהתאם לאורח חייו". המקרה הוביל לרענון נהלים דחוף בכל מתקני הכליאה הצבאיים.
יש לציין כי מערך הכליאה בצה"ל מבצע כל העת התאמות בכפוף לתנאי הכליאה על פי הפקודות להיקף הכלואים, לרבות בני הציבור החרדי. בדוברות הצבא ביקשו להדגיש כי "בבית הכלא הצבאי יש בתי כנסת בהם מתקיימות שלוש תפילות ביום וישנם ספרי לימוד ותפילין הזמינים לכלל הכלואים", וזאת למרות הכשל החמור שאירע במקרהו של הרב בן דיין, שהותיר צלקת כואבת בקרב משפחתו ותומכיו המוחים על מעצרו ועל תנאי החזקתו.
