עימות נרשם הבוקר בבית המשפט המחוזי בירושלים בדיוני משפטו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, כאשר מחלוקת עמוקה בין נציגי התביעה לבין הרכב השופטים חשפה שוב את הבקיעים המהותיים באופן ניהול החקירות. במוקד הסערה עמדה דרישתה של הפרקליטות להטיל מגבלות משמעותיות על קו החקירה הנגדית שמנהלים סנגוריו של נתניהו כלפי היועץ המשפטי לממשלה לשעבר, אביחי מנדלבליט, בכל הנוגע לפעולות שנקטו חוקרי המשטרה לאחר שניתנו האישורים לפתיחת ההליכים.
על פי הדיווח מתוך אולם הדיונים, במרכז ההתכתשות המשפטית ניצבה השאלה האם מותר להגנה לבחון לא רק את עצם מתן האישורים לפתיחת החקירות, אלא גם את מידת המעורבות, הפיקוח והבקרה שהפעיל מנדלבליט על החוקרים בזמן אמת. עד כה התמקדה חקירת ההגנה בהחלטות שהתקבלו טרם מתן האישורים ובנסיבות לידתן, אולם כעת מבקשים הסנגורים לרדת לשורש פעולות החקירה שבוצעו בפועל בשטח. מנגד, התובעת יהודית תירוש התייצבה בתוקף נגד המהלך וטענה כי יש להגביל את השאלות למנדלבליט לנושאים החיוניים לבירור ההליך בלבד ובראשם האישורים שהעניק, כשהיא מתריעה כי הרחבת החקירה לתהליכי העבודה הפנימיים של התביעה עלולה ליצור תקדים מסוכן שישפיע על תיקים פליליים אחרים.
תירוש הוסיפה והסבירה בדיון כי החלטות התביעה מתקבלות באמצעות גורמים מקצועיים וצוותי עבודה, ולא בהכרח בידי אדם אחד המעיין בכל מסמך ומסמך, ולשיטתה אין הצדקה לחקור את היועץ המשפטי לשעבר על כל פרט ופרט מתוך החומרים. התובעת נשענה על פסיקה שלפיה בתי המשפט נוטים להימנע מזימון תובעים להעיד על תהליכי קבלת החלטות פנימיים, וטענה כי העובדה שהחוק מחייב אישור יועמ"ש להגשת כתב אישום נגד ראש ממשלה אינה מצדיקה יחס חריג למנדלבליט. אלא שעמדת הפרקליטות נתקלה בחומה בצורה מצד השופטים; השופט משה בר-עם קטע את הדברים ותהה כיצד ניתן לסרס את החקירה כאשר כבר נשמעו עדויות מטרידות: "איך אפשר להתעלם מכך שהיועץ המשפטי בא לפה ומעיד על פעולות בלתי-חוקיות?".
השופטת רבקה פרידמן-פלדמן חידדה את הביקורת והזכירה כי מנדלבליט עצמו כבר העיד שלא עיין בחלק מן החומרים, ובהם תמלילים מסוימים, בעוד השופט בר-עם הדגיש כי הדברים עשויים להיות בעלי משקל מכריע לטענות "הגנה מן הצדק" שהעלו עורכי דינו של ראש הממשלה, והזהיר כי מניעת שאלות תותיר פערי מידע עובדתיים קריטיים בפני ההרכב. תירוש ניסתה לאזן וטענה כי יש להבחין בין החלטות היועמ"ש לבין מעשי החוקרים, וכי טענות על פעולות שלא תועדו כראוי יש להפנות לשוטרים עצמם, אך המחלוקת שבה והציפה את עדותו הקודמת של מנדלבליט בנוגע לגבולות האישורים בתיק 1000.
באותו דיון, כזכור, נשאל מנדלבליט האם אישר חקירה בחשד לעבירת שוחד, והתגונן באומרו: "אישרתי נושא, זה לא אותו דבר כמו חקירה באזהרה. אני לא מאשר חקירה ספציפית אלא נושאים לחקירה". מנדלבליט טען כי נשמר קשר מקצועי וכי ציפה לעיין בפעולות מרכזיות, אך השופט בר-עם הקשה על המנגנון הרופף: "השאלה היא מה מבינים חוקרי המשטרה שמקבלים את ההיתר הכללי. אולי צריך לתת אישור יותר קונקרטי, כדי שלא יעשו חלילה בטעות מה שאסור". מנדלבליט השיב כי התקיימו ישיבות מעקב לפיקוח, וכי כיווני חקירה חדשים חייבו אישור מחודש – תשובות שממשיכות להעמיד בסימן שאלה את התנהלות רשויות האכיפה בתיקי נתניהו.
