החלום המצמרר שנרמז על הקבר: האברך יצא מהקבר ועבר לקבר הצמוד ל'מגלה עמוקות'

היום י"ג מנחם אב הילולא של בעל ה'מגלה עמוקות' – רבי נָתָן נָטָע שַׁפִּירָא מקראקא. כבר בחייו החשיבוהו כאחד מגדולי עולם, מסופר כי "בעת שערך תיקון חצות לפי כוונות האר"י, ושר בשירים וניגון, שמנגנים שרפי עילא, בשלוש משמרות הלילה, כאשר אליו נגלה איש לבוש אדרת שער כולה והגיד לו דברי אלה: "כך וכך מקוננים פמליא של מעלה" ועין בעין ראה אותו ניצב וקמה". (כך העיד בנו). 

חותנו שהיה עשיר בנה במיוחד בעבורו בית עם מקוה ובית כנסת "על הגבעה", ובו היה רבי נתן יושב תדיר ועוסק בתורה יומם ולילה.

 ואמרו, שבחלונותיו לא כבה האור מעולם.

נקבר בבית הקברות היהודי העתיק בקראקוב [בית העלמין בו קבורים גדולי עולם כהרמ"א והב"ח]. על מצבתו נכתב: "פה נטמן איש אלקי קדוש מן הקדמונים. מגלה עמוקות ורזין ומטמונים. הוא שאומרים עליו שדיבר אתו אליהו פנים אל פנים".

בסמוך לקברו הייתה מצבה ועליה נוסח אפוף מסתורין: "ציון לנפש חיה פה מצאנו, לדעת שמה לריק יגענו, יען נמצא קבור באשמנים, ותמחנה אותותיו מרוב שנים, כן יגיד עלי' רעו גאון עוזנו מגלה עמוקות ומגיה חשכנו, כי רב כבודו בשם תפארת, להשאר בדור דורים למזכרת, גבאי הח"ק זאת אל לבם השיבו, ומצבה חדשה על קברו הציבו, תקב"ץ לפ"ק לבריאת ארץ ושמים"

במהלך מלחמת העולם השנייה נעקרה המצבה ממקומה והושחת הכיתוב שעליה. רק מופיע באופן בולט הכיתוב: "יגיד עליו רעו". 

על נסיבות המצבה האלמונית, הנקבר ונסיבות הקבורה, מופיע בספרי החברא קדישא בקרקוב: 

באחד הימים הופיע בקרקוב אברך צעיר אלמוני שפנה אל ראש החברה קדישא ובקשה מוזרה בפיו, מבקש אני שתקברוני במקום הפנוי הסמוך לקברו של בעל ה'מגלה עמוקות'. והציע תשלום גבוה מאד עבור חלקת הקבר.

 גבאי החברה קדישא שלל זאת מכל וכל מאחר ורבי נתן נטע שפירא ציווה להותיר את חלקת הקבר סביבו ריקה, ואף נזף בו איך עלתה על דעתו של אברך צעיר אפילו לבקש להיקבר במקום קדוש שכזה. 

האברך האלמוני הפציר שוב ושוב והעלה את מחיר התמורה, לבסוף נעתר לו הגבאי מתוך מחשבה שמלבדם אין מי שיודע על כך, ומפאת גילו של האברך סביר כי יילך לעולמו אחר הגבאי וממילא לא יצרך למלא את דבריו.

לתדהמת ראש ה'חברא קדישא' ביום המחרת נפטר אותו אורח אלמוני, ומחמת הוד קדושתו של ה'מגלה עמוקות' החליט הגבאי להתעלם מההתחייבות. האברך האלמוני נקבר בשטח צדדי בבית הקברות, כשעל מצבתו מצוין תאריך פטירתו בלבד. הדבר היחידי שהיה ידוע עליו.

בלילה, בא הנפטר האלמוני אל הגבאי בחלום בתביעה על שלא קיים את ההסכם. והודיע לו כי הוא דורש שיעלה לבית דין של מעלה על מנת שיוכל לתבוע אותו שם. הגבאי התעורר בבהלה מהחלום והמשיך בשגרת יומו. 

כשחזר החלום שוב ושוב בלילות שלאחר מכן פנה הגבאי אל רב העיר, הב"ח, רבי יואל סירקיש זצ"ל, וסיפר לו את הדברים. הב"ח הורה לו כי בפעם הבאה שיבוא אליו האלמוני בחלום, יאמר לו כי הוא חפץ לדון עמו בבית דינו של הב"ח. בלילה הבא בחלום הסכים הנפטר להצעה וקבעו ביניהם מועד לדין בבית דינו של הב"ח.

ביום המיועד, נועדו חברי בית הדין לדין, ייחדו מקום מיוחד אחורי פרגוד עבור הנפטר. בשעה היעודה נשמע קול אחורי הפרגוד, הנפטר סירב להזדהות לבקשת בית הדין לדון על טיבו, וכך הכריע הב"ח:  חברא קדישא יותירו את הנפטר בקברו ומצווה אני אותם לחפור מקום קבורה ריק לצד קברו של ה'מגלה עמוקות' ולהותירו פתוח. אם הנפטר ראוי להיקבר על יד הרבי הקדוש יעבור הוא עצמו למקום זה. אנשי החברא קדישא יעוד באותו יום יצאו והכינו קבר פתוח והמתינו לבוקר.

למחרת עם שחר נחרדו אנשי החברה קדישא לגלות את קברו של הנפטר ריק, ועל הקבר שליד קברו של רבי נתן נטע שפירא מופיעה תלולית עפר.

הקימו הגבאים מצבה על קבר האלמוני ובה נכתב: "פה נטמן האברך לא נודע מיהו, כן יגיד עלי' רעו גאון עוזנו מגלה עמוקות ", לאמור: "יעיד על הנקבר זה שקבור לידו". עם השנים טושטש הכתב והוסיפו עליו הנוסח דלעיל.