מאז קום המדינה, מקפידים בישיבת פוניבז', להניף בכל יום העצמאות את דגל ישראל בגג הבניין, וזאת בהוראתו של מרן הרב מפוניבז', הגאון רבי יוסף שלמה כהנמן זצ"ל.
יצויין כי הדגל,לא מתנוסס מעל הבניין במשך כל שעות היממה, אלא מהשעה 08:00 בבוקר ועד לשעה 16:00 אחר-הצהריים. בשנים עברו הגיעו חסידי סאטמר להפגין מול בניין הישיבה בגין הדגל שמתנופף מעליה.