אזרחים שניסו הבוקר להנפיק את התו הירוק נתקלו בקשיים טכניים ובתקלות. באפליקציית "רמזור" לדוגמה עולה הודעה שקוראת למשתמשים לשדרג את היישומון – אך בחנות האפליקציות אין אפשרות כזו ולא ניתן להנפיק את האישור המיוחל. כמו כן, באתר משרד הבריאות מופיעה הודעת שגיאה: "אנחנו מתחזקים ומשדרגים, בקרוב נעלה".
מיליון ו-700 אלף ישראלים איבדו הבוקר את התעודה הישנה שאיפשרה להם להיכנס למסעדות, לאירועים ולאטרקציות – ומי שזכאי לתו נדרש להנפיק אותו מחדש.
בעקבות כך הודיעו הבוקר במשרד הבריאות, כי "בשל העומסים בהנפקת התו הירוק החדש החל מהלילה, ניתן יהיה להשתמש במקביל בימים הקרובים גם בתו הירוק הקודם".
