דובר צה"ל טען כי לפנות בוקר (א׳) הגיעו מאות מתיישבים אל שטח חומש ו"פעלו באלימות כלפי כוחות הביטחון, פרצו מחסומים שהוצבו בשטח ונכנסו לשטח היישוב המפונה על מנת לנסות ולהקים במקום מבנים בלתי חוקיים.
"כוחות צה"ל, מג"ב ומשטרה ניסו לחסום את הגעתם של המתיישבים ואלו הפעילו אלימות פיזית ומילולית, השחיתו רכוש צבאי וחסמו את מעבר הכוחות. בנוסף, לוחם צה״ל נפצע קל כתוצאה מפגיעת רכב מתיישבים", נכתב בהודעת דובר צה"ל.
ראש המועצה האזורית שומרון יוסי דגן דוחה בתוקף את הודעת דובר צה"ל על התנהגות אלימה של יהודים כלפי צה"ל וכוחות הביטחון על אדמת חומש.
דגן אמר "אני מזועזע מהודעת דובר צה"ל המניפולטיבית בנוגע לתלמידי ישיבת חומש. הקבר של יהודה, נרצח הפיגוע, עדיין טרי, ובדובר צה"ל מכפישים את חבריו על לא עוול בכפם".
לדברי דגן, בסרטונים שהופצו על ידי דובר צה"ל ניתן לראות בבירור כי אין כל אלימות של מתיישבים, אלא להפך. "הדבר היחיד שמתקרב לאלימות בסרטונים הוא חייל שדוחף אזרח.
"מדינת ישראל צריכה להסדיר את ישיבת חומש ואני קורא לדובר צה"ל לא לחזור לתקופות קשות בהיסטוריה של דובר צה"ל, ולהשתמש בשיטות שהציבו אותו במחלוקת בחברה הישראלית, והפכו אותו לבעל תדמית פוליטית. מצער ולא לגיטימי שדובר צה"ל מייצר מניפולציות כדי להשחיר את המתיישבים החלוצים".
ראש מועצת שומרון הוסיף: "אני מגנה את ההתנהלות הלא הגונה של דובר צה"ל, שפוגעת קודם כל בצבא. אנחנו מחזקים את אנשי חומש ודורשים מדובר צה"ל לצאת באופן מיידי מהשדה הפוליטי".
הלילה לכדו כוחות צה"ל ושב"כ את המחבלים שביצעו את הפיגוע ליד חומש ביום חמישי האחרון, שבו נרצח יהודה דימנטמן הי"ד ונפצעו שני בני אדם.
בישיבה, תקפו, כאמור, את הודעת דובר צה"ל שיצאה מוקדם יותר. בהודעה נכתב: "לפנות בוקר הגיעו מאות מתיישבים אל שטח המאחז 'חומש'. המתיישבים פעלו באלימות כלפי כוחות הביטחון, פרצו מחסומים שהוצבו בשטח ונכנסו לשטח היישוב המפונה על מנת לנסות ולהקים במקום מבנים בלתי חוקיים".
המחבלים נתפסו בכפר סילת אל-חארית'יה ללא התנגדות. הכוחות עצרו ארבעה חשודים, שניים מהם המחבלים שביצעו את הפיגוע, והשניים האחרים סייענים.
הכוחות גם החרימו את הנשקים שבאמצעותם בוצע הפיגוע, ורכב ששימש לפי החשד את המחבלים.
ראש הממשלה נפתלי בנט הגיב למעצר: "יידע כל מחבל כי מדינת ישראל תבוא עמו חשבון. אי אפשר להסתתר לאורך זמן. כל מחבל צריך לדעת שהוא על זמן שאול". מלשכת רה"מ נמסר כי הוא נכח בחפ"ק לאורך כל שעות המבצע וקיבל סקירה מבכירי השב"כ על המאמץ המודיעיני והמבצעי שהוביל למעצר.