חברי ועדת הרוגלות הממשלתית הודיעו הערב (יום חמישי) לשר המשפטים יריב לוין על התפטרותם המיידית מתפקידם. חברי הוועדה הסבירו את המניע להחלטה במכתב נוקב, בו ציינו כי אינם יכולים למלא את שליחותם בנסיבות הקיימות. "נוכח הנסיבות שנוצרו והמגבלות הקיצוניות שמבקשים להטיל על עבודתנו, אנו נאלצים לקבוע כי אין ביכולתנו להגיע לחקר האמת ולספק לציבור דין וחשבון אמין וממצה, לפיכך החלטנו להתפטר מתפקידנו", נכתב בהצהרתם הרשמית.
חברי הוועדה המשיכו ופירטו את הקשיים שהוערמו עליהם מאז תחילת עבודתם באוגוסט 2023, כשהם מפנים אצבע מאשימה ברורה כלפי הגורמים שאותם היו אמורים לבקר. במכתב ההתפטרות שנמסר לשר לוין הם מסבירים כי מיום מינויים על ידי הממשלה ועד לרגע זה "פעלו ביד אחת מספר גורמים, ובראשם גורמי האכיפה שעניינם אמור היה להיבדק על ידי הוועדה, לשם סיכול פעילותה".
סגן ראש הממשלה ושר המשפטים יריב לוין הגיב בטון תוקפני ויוצא דופן על התפטרות חברי ועדת הבדיקה הממשלתית לעניין הרוגלות, כשהוא מפנה את האשמה ישירות לעבר בית המשפט העליון. "מי שבאמת צריכים להתפטר היום, אלה אתם, שלושת שופטי בית המשפט העליון, יצחק עמית, עופר גרוסקופף וחאלד כבוב", הצהיר לוין. לטענת השר, השופטים "בעיניים פקוחות ובכוונת מכוון, עשיתם יד אחת עם הגורמים שאמורים לעסוק באכיפת החוק, כדי לטייח את אחת הפרשות החמורות ביותר בתולדות המדינה של פגיעה בזכויות אדם ואזרח".
השר לוין הוסיף והטיח בשופטים כי הם "חשפו שוב את פרצופם האמיתי" בכך שפגעו ביכולת הבדיקה של הוועדה. הוא קרא להם לקרוא את הקביעות הקשות של חברי הוועדה המעידות על עומק המחדל: ״…במסגרת פעילותנו עד כה, הוצגו בפנינו מידע, ממצאים חריגים וסימנים מדאיגים המעלים חשש כי פרשה זו (פרשת פגסוס) חמורה בהרבה, בעומקה ובהיקפה, מכפי שהצטייר עד כה״. לוין סיכם את דבריו בהתחייבות כי ימשיך להיאבק "עד שהצדק ייעשה" ועד שמי שלטענתו מעלו באמון העם יאבדו את אחיזתם בבית המשפט העליון.
הרקע להתפוצצות הפרשה והקמת הוועדה נעוץ בחשיפות על שימוש בתוכנת "פגסוס" של חברת NSO על ידי משטרת ישראל. על פי החשדות שעמדו בבסיס הקמת הוועדה, המשטרה השתמשה בתוכנה (שכונתה "סיגנל") כדי לרגל אחרי אזרחים ישראלים, פעילי מחאה, ראשי ערים ומקורבים למלכות ללא צווי בית משפט מתאימים. שר המשפטים הקים את ועדת הבדיקה הממשלתית כדי לבחון את השימוש בכלי סייבר למעקב ואיסוף על ידי גופי האכיפה הפלילית, אך כעת, עם התפטרות חבריה, עתיד חקירת הפרשה נותר לוט בערפל.