אחרי שטען כי הוא אינו בקי בפרטים בנוגע לאירוע השנוי במחלוקת, נחשף הערב מכתבו המלא של ראש המוסד דדי ברנע, נגד יורשו המיועד לתפקיד ובו הוא מונה רצף של כשלים, שלדברי מעורבים בפרשייה, כלל לא אירעו.
במהלך הימים האחרונים, ראש המוסד המכהן, דדי ברנע, יוצא למתקפה חזיתית וישירה נגד המינוי המסתמן של מחליפו, האלוף רומן גופמן. בצעד שחורג מכל נורמה מקובלת, שלח ברנע מכתב חריף ויוצא דופן לשופטי בית המשפט העליון, וזאת מבלי שעדכן את הממונה עליו, ראש הממשלה בנימין נתניהו. ברנע, שהביע בעבר התנגדות מסויגת בפני ועדת גרוניס, בחר כעת להחריף את הטון באופן דרמטי ולהציג עמדה נחרצת השוללת את התאמתו של גופמן לתפקיד הרגיש ביותר בקהילת המודיעין.
במרכז התנגדותו של ברנע עומדת פרשת הפעלתו של הנער אלמקייס, אירוע שבו נקט גופמן, לטענת ראש המוסד, בצעדים המעידים על ליקוי מאורות פיקודי וערכי. במכתבו החסוי שנחשף ע"י אבישי גרינצייג ב-i24NEWS, כותב ברנע כי "אדם שפעל באופן המתואר במקרה של הנער אלמקייס איננו מתאים לתפקיד ראש המוסד, עלול לסכן את עובדיו ואיננו עומד בסטנדרט טוהר המידות הנדרש לתפקיד זה". ברנע אינו מסתפק בביקורת על המעשה עצמו, אלא תוקף את דפוס הפעולה של גופמן ומבהיר כי "מי שעבר ביודעין על הנהלים, חייב לדעת כיצד מתפתחת העבירה אליה היה מודע", בהתייחסו למה שהגדיר כ"הפעלה שלא כדין".
הביקורת של ראש המוסד מעמיקה עוד יותר כשהוא מנתח את המשמעות של חוסר ידיעה מצד מפקד בכיר. ברנע טוען במכתבו שאם גופמן אכן לא היה מודע לפרטי המקרה, הדבר חמור לא פחות: "אם הוא לא ידע על פרטי ההפעלה ולא עקב אחר התפתחותה יש כאן בעיה אחרת, חמורה בהרבה אשר בוודאי שאיננה מאפשרת לגופמן לעמוד בראשות המוסד". לשיטתו, מדובר ב"הרמה הגרועה ביותר של קבלת החלטות וטוהר מידות", והוא מתריע מפני עתיד שבו החלטות הרות גורל יופקדו בידיו של מי שפעל כך בעבר.
ברנע מוסיף ותוהה מדוע גופמן לא מנע את מעצרו הממושך של הקטין המעורב, ומדגיש כי "שתי העבירות למעשה של גופמן מעידות על חוסר מובהק בשיקול דעת" וכי "יש כאן בעיית מוסר קשה שמונעת אפשרות למנותו לתפקיד". את דבריו הוא נועל בקביעה המשקפת את עומק השבר בצמרת: "אין שום אפשרות ואין שום סבירות למנות את האלוף גופמן לראש המוסד".
בתוך כך, בעקבות מכתבו של ראש המוסד ברנע, עורך הדין של רומן גופמן ביקש גם הוא מכתב ממנכ"ל משרד הביטחון, אמיר ברעם, ששימש אז מפקדו של גופמן. המכתב עצמו של ברעם קצר ביותר, כולל התייחסות הזהה למה שמסר בפני ועדת גרוניס, ואמירה כי העברת המידע נעשתה בסמכות קצין המודיעין באוגדה. במכתב שיוצג לשופטים כותב ברעם כי בבירור המשמעתי שנעשה לגופמן עלה כי נפל פגם מקצועי, לא ערכי בהתנהלות.
